Samofakturowanie w KSeF a odliczenie VAT – stanowisko fiskusa

Samofakturowanie w KSeF nadal jest dopuszczalne, ale po interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS z 27 lutego 2026 r. nie można już traktować tej procedury wyłącznie jako wygodnego rozwiązania organizacyjnego. Spór nie dotyczy bowiem samej dopuszczalności wystawiania faktur przez nabywcę w imieniu sprzedawcy. Problem pojawia się na etapie zatwierdzania treści faktury oraz odpowiedzi na pytanie, kiedy i w jakiej formie taka akceptacja powinna nastąpić. To właśnie tutaj fiskus przyjął podejście znacznie bardziej rygorystyczne niż wynikałoby to wprost z ustawy o VAT.

Dla przedsiębiorcy najważniejsze jest dziś odróżnienie dwóch porządków. Pierwszy to treść przepisów, które wymagają umowy i procedury zatwierdzania faktur, ale nie opisują szczegółowo technicznego modelu akceptacji. Drugi to aktualna praktyka interpretacyjna organów, z której wynika oczekiwanie, że sprzedawca powinien zaakceptować plik XML jeszcze przed wysłaniem faktury do KSeF. Jeżeli firma korzysta z samofakturowania w dużej skali, ta różnica ma znaczenie nie tylko formalne, lecz także operacyjne i podatkowe.

W praktyce temat ten nie sprowadza się już wyłącznie do tego, czy nabywca ma odpowiednie uprawnienie w systemie. Równie istotne staje się to, czy firma potrafi wykazać, że przyjęty model zatwierdzania faktur odpowiada przepisom, treści umowy oraz aktualnemu ryzyku interpretacyjnemu. Z tego powodu samofakturowanie po wdrożeniu obowiązkowego KSeF powinno być analizowane nie tylko przez dział księgowy, ale również przez osoby odpowiedzialne za podatki, obieg dokumentów i relacje z kontrahentami.

W firmach, które chcą lepiej uporządkować obieg dokumentów i akceptację faktur w środowisku KSeF, pomocnym rozwiązaniem może być Customer Invoice Portal od getsix®, który wspiera przekazywanie dokumentów do księgowości, ich weryfikację oraz bardziej przejrzyste zarządzanie procesem akceptacji.

Samofakturowanie – na czym polega ta procedura

Samofakturowanie polega na tym, że nabywca towarów lub usług wystawia fakturę w imieniu i na rzecz sprzedawcy. Podstawą prawną jest art. 106d ust. 1 ustawy o VAT. Z przepisu wynika, że taki model jest dopuszczalny pod warunkiem wcześniejszego zawarcia umowy pomiędzy stronami oraz określenia w niej procedury zatwierdzania poszczególnych faktur przez sprzedawcę. Ustawa nie znosi więc kontroli sprzedawcy nad dokumentem. Przeciwnie, wyraźnie zakłada, że nabywca może fakturować w jego imieniu tylko w ramach uzgodnionego mechanizmu.

Dodatkowo faktura wystawiona w procedurze samofakturowania musi zawierać oznaczenie „samofakturowanie”. Wynika to z art. 106e ust. 1 pkt 17 ustawy o VAT. Ten element ma znaczenie nie tylko formalne. Pozwala jednoznacznie ustalić, że dokument został wystawiony przez nabywcę w szczególnym trybie, a więc w modelu, w którym kluczowa staje się również kwestia późniejszego potwierdzenia prawidłowości treści faktury przez sprzedawcę.

W praktyce samofakturowanie jest wykorzystywane przede wszystkim tam, gdzie przedsiębiorca chce uporządkować masowy obieg dokumentów, przyspieszyć rozliczenia z kontrahentami albo ograniczyć ryzyko opóźnień po stronie dostawców i podwykonawców. Mechanizm ten od lat funkcjonował w obrocie gospodarczym jako rozwiązanie użyteczne i co do zasady neutralne podatkowo, o ile strony rzeczywiście miały zawartą umowę i faktycznie stosowały procedurę akceptacji. Ta praktyczna wygoda nie zwalnia jednak z konieczności prawidłowego udokumentowania całego procesu.

Warto też pamiętać, że sama możliwość wystawienia faktury przez nabywcę nie oznacza pełnej dowolności. Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 5 ustawy o VAT faktury wystawione przez nabywcę zgodnie z odrębnymi przepisami, które nie zostały zaakceptowane przez sprzedającego, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego ani do zwrotu podatku naliczonego. To właśnie ten przepis jest dziś kluczowy dla oceny ryzyka po stronie przedsiębiorców stosujących samofakturowanie.

Samofakturowanie w KSeF – czy zasady rzeczywiście się zmieniły

Z oficjalnych materiałów Ministerstwa Finansów wynika, że sam mechanizm samofakturowania w KSeF miał pozostać taki sam jak dotychczas. Resort wskazuje wprost, że nabywca nadal może wystawiać faktury w imieniu sprzedawcy, jeżeli strony zawarły stosowną umowę, a podstawową zmianą jest konieczność nadania odpowiednich uprawnień w systemie. Ministerstwo podkreśla też, że sam mechanizm samofakturowania oraz wynikające z niego obowiązki podatkowe pozostają bez zmian.

Jednocześnie Ministerstwo Finansów podkreśla, że 2026 r. jest okresem przejściowym i w tym czasie nie są nakładane kary za błędy związane z korzystaniem z KSeF. Nie oznacza to jednak, że każdy błąd proceduralny pozostaje neutralny z punktu widzenia prawa do odliczenia VAT.

Brak sankcji systemowych za błędy we wdrożeniu KSeF nie wyłącza jednak ryzyka podatkowego, jeżeli organ uzna, że dana faktura wystawiona w ramach samofakturowania nie została zatwierdzona w sposób prawidłowy. Innymi słowy, przedsiębiorca może nie ponieść sankcji za sam sposób korzystania z systemu, a jednocześnie wejść w spór o odliczenie VAT z konkretnego dokumentu. To dwa różne obszary oceny.

Właśnie dlatego po wejściu obowiązkowego KSeF temat samofakturowania trzeba analizować szerzej niż wcześniej. KSeF nie zlikwidował tej procedury, ale sprawił, że większego znaczenia nabrały: techniczna postać faktury, sposób akceptacji, ślad dowodowy i sekwencja poszczególnych działań. Dla firm, które wystawiają wiele takich dokumentów, może to oznaczać potrzebę istotnej przebudowy procesów wewnętrznych.

Jak powinna wyglądać akceptacja faktury w samofakturowaniu

Na poziomie ustawowym odpowiedź nie jest tak szczegółowa, jak chciałyby tego organy podatkowe. Art. 106d ust. 1 wymaga, aby w umowie określono procedurę zatwierdzania poszczególnych faktur przez podatnika dokonującego sprzedaży, ale nie wskazuje wprost ani formy akceptacji, ani kanału komunikacji, ani momentu, w którym zatwierdzenie ma nastąpić. Ustawa nie mówi również, że akceptacja musi obejmować wyłącznie plik XML.

Z tego powodu przez wiele lat dominowało podejście, zgodnie z którym strony mają w tym zakresie znaczną swobodę kontraktową. Mogły więc uzgodnić, że akceptacja ma charakter aktywny, bierny, następuje w systemie obiegu dokumentów, mailowo albo poprzez brak zastrzeżeń w określonym czasie. W praktyce liczyło się przede wszystkim to, aby dało się wykazać, że sprzedawca zaakceptował fakturę wystawioną przez nabywcę. Sama ustawa nie tworzyła sztywnego modelu technologicznego.

Po wejściu KSeF ta swoboda nie została jednoznacznie wyłączona przez nowe brzmienie przepisów. Oficjalne materiały Ministerstwa Finansów nadal wskazują, że samofakturowanie działa tak samo jak dotychczas, a jedyną zmianą pozostaje konieczność nadania nabywcy odpowiednich uprawnień w systemie. To ważny argument, ponieważ pokazuje, że na poziomie komunikatów resortu akcent został położony raczej na organizację dostępu do KSeF niż na ustanowienie nowego, sformalizowanego modelu akceptacji treści faktury.

Nie oznacza to jednak, że przedsiębiorca może tę kwestię bagatelizować. W środowisku KSeF faktura ma postać pliku XML, a numer KSeF jest nadawany automatycznie przez system po wysłaniu e-faktury i jej przyjęciu do systemu. Numer ten nie jest elementem samego pliku XML. To sprawia, że moment wysyłki dokumentu do systemu i moment jego formalnego zaistnienia w obrocie mają dziś istotne znaczenie dla oceny procedury zatwierdzania.

Restrykcyjne stanowisko fiskusa w interpretacji KIS z 27 lutego 2026 r.

Sednem sporu stała się interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 27 lutego 2026 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.874.2025.2.KK. Sprawa dotyczyła spółki, która stosowała samofakturowanie we współpracy ze swoimi podwykonawcami będącymi czynnymi podatnikami VAT. Spółka wystawiała faktury w ich imieniu i na ich rzecz, a procedura była uregulowana w umowach. Po objęciu spółki obowiązkowym KSeF pojawiło się pytanie, jak prawidłowo zorganizować proces zatwierdzania takich dokumentów.

Podatnik argumentował, że skoro ustawa o VAT nie precyzuje szczegółowo sposobu zatwierdzania faktur, to dopuszczalne powinno być również rozwiązanie, w którym kontrahent akceptuje fakturę po jej przesłaniu do KSeF. Alternatywnie spółka rozważała wcześniejsze przesyłanie kontrahentom projektu faktury w PDF, czyli dokumentu zawierającego istotne dane transakcji, ale jeszcze bez numeru KSeF i bez finalnej postaci ustrukturyzowanej. Fiskus nie zgodził się z żadnym z tych wariantów.

Dyrektor KIS uznał, że akceptacja powinna nastąpić bezpośrednio przed wprowadzeniem faktury do obrotu prawnego, czyli przed przesłaniem pliku XML do KSeF. Organ wskazał również, że do zatwierdzenia należy przedstawić sprzedawcy właśnie treść faktury w pliku XML, a nie jej projekt w PDF. W interpretacji podkreślono, że akceptacja może mieć charakter aktywny albo bierny, ale musi dotyczyć treści XML i nastąpić przed wysyłką do systemu.

To stanowisko jest dla przedsiębiorców bardzo wymagające. W praktyce oznacza ono konieczność takiego ułożenia procesu, aby sprzedawca zatwierdzał treść dokumentu jeszcze przed przesłaniem go do KSeF. Dla firm, które obsługują duże wolumeny faktur, może to oznaczać istotne obciążenie operacyjne, wydłużenie obiegu dokumentów oraz konieczność wprowadzenia nowych etapów kontroli.

Dlaczego to stanowisko budzi poważne wątpliwości

Najważniejszy problem polega na tym, że ustawa o VAT nie zawiera wprost wymogu akceptacji wyłącznie pliku XML ani jednoznacznego nakazu, aby zatwierdzenie nastąpiło przed skutecznym wystawieniem faktury w KSeF. Przepis mówi o procedurze zatwierdzania poszczególnych faktur, ale nie rozstrzyga, czy ma to być etap poprzedzający samo wystawienie dokumentu w systemie, czy element następczej kontroli dokumentu już wygenerowanego. To właśnie dlatego restrykcyjne podejście organu budzi uzasadnione wątpliwości.

Dodatkowym argumentem jest to, że oficjalne komunikaty Ministerstwa Finansów równolegle podkreślają, iż samofakturowanie w KSeF działa tak samo jak dotychczas i że jedyną zmianą jest nadanie nabywcy odpowiednich uprawnień systemowych. Gdyby rzeczywiście celem ustawodawcy było wprowadzenie nowego, ścisłego obowiązku wcześniejszej akceptacji XML, należałoby oczekiwać wyraźniejszego odzwierciedlenia tej zasady w przepisach albo w oficjalnych wyjaśnieniach systemowych. Obecnie takiej jednoznaczności brak.

Wątpliwości ma także wymiar praktyczny. XML jest formatem technicznym, który nie zawsze jest wygodny do weryfikacji przez człowieka. Oczywiście można stworzyć wizualizację danych zawartych w takim pliku, ale organ w interpretacji wyraźnie rozróżnił sam plik XML i projekt w PDF. To prowadzi do napięcia pomiędzy techniką działania systemu a realiami codziennego obiegu dokumentów w przedsiębiorstwie.

Nie można też mylić dwóch kwestii: okresu przejściowego bez kar za błędy w korzystaniu z KSeF oraz bezpieczeństwa w zakresie odliczenia VAT. Brak kar systemowych w 2026 r. nie oznacza automatycznie, że wadliwie ułożony proces samofakturowania pozostaje neutralny podatkowo. To właśnie dlatego przedsiębiorcy powinni traktować interpretację KIS jako istotny sygnał ostrzegawczy, nawet jeśli nie zgadzają się z jej kierunkiem.

Ryzyko utraty prawa do odliczenia VAT – gdzie jest realne zagrożenie

Największe ryzyko nie polega dziś na tym, że samofakturowanie jako takie stanie się niedopuszczalne. Ryzyko dotyczy sytuacji, w której organ uzna, że faktura wystawiona przez nabywcę nie została zaakceptowana w sposób prawidłowy. W takim przypadku fiskus może powołać się na art. 88 ust. 3a pkt 5 ustawy o VAT i zakwestionować prawo do odliczenia podatku naliczonego z takiego dokumentu. To właśnie ten mechanizm został wyraźnie powiązany z wadliwą procedurą zatwierdzania w interpretacji z 27 lutego 2026 r.

W praktyce zagrożenie może pojawić się zwłaszcza wtedy, gdy firma:

• uzyskuje akceptację kontrahenta dopiero po skutecznym przesłaniu faktury do KSeF,
• przekazuje do akceptacji wyłącznie PDF lub inną wizualizację, a nie treść faktury ustrukturyzowanej,
• nie potrafi wykazać, kiedy i w jaki sposób sprzedawca zaakceptował dokument,
• ma w umowie o samofakturowanie procedurę ogólną, ale w praktyce działa według innego, nieudokumentowanego schematu.

Nie można jednak powiedzieć, że każda firma stosująca dziś model akceptacji PDF automatycznie traci prawo do odliczenia VAT. Bardziej precyzyjne jest stwierdzenie, że istnieje podwyższone ryzyko sporu interpretacyjnego, ponieważ stanowisko KIS ma charakter indywidualny i nie jest źródłem powszechnie obowiązującego prawa. Mimo to z praktycznego punktu widzenia przedsiębiorca nie powinien go ignorować, bo może ono wyznaczać kierunek przyszłych kontroli i kolejnych interpretacji.

Co przedsiębiorca powinien zrobić w praktyce

Sama analiza przepisów i interpretacji nie wystarczy. W przypadku samofakturowania po wdrożeniu KSeF kluczowe znaczenie ma to, czy procedura przyjęta w firmie jest spójna, udokumentowana i możliwa do obrony w razie kontroli. W praktyce warto uporządkować ten obszar krok po kroku.

1. Zweryfikować umowy o samofakturowanie

Pierwszym krokiem powinien być przegląd obowiązujących umów z kontrahentami. W wielu przypadkach były one przygotowywane jeszcze przed wdrożeniem KSeF i nie uwzględniają realiów faktury ustrukturyzowanej. Jeżeli umowa zawiera jedynie ogólne odwołanie do akceptacji faktur, ale nie wskazuje kolejności działań, sposobu potwierdzania ani terminów, warto ją doprecyzować.

Szczególne znaczenie ma to, aby z umowy jasno wynikało:

• kto wystawia fakturę w imieniu sprzedawcy,
• w jaki sposób sprzedawca zatwierdza treść faktury,
• czy akceptacja ma charakter aktywny czy bierny,
• w jakim terminie kontrahent może zgłosić zastrzeżenia,
• jakie skutki ma brak odpowiedzi w ustalonym czasie.

2. Sprawdzić, jak wygląda rzeczywisty obieg dokumentów

W wielu firmach największy problem nie wynika z samej treści umowy, lecz z rozbieżności pomiędzy zapisami a praktyką. Dlatego warto przeanalizować faktyczny przebieg procesu i ustalić, czy odpowiada on obecnym ryzykom podatkowym.

W praktyce należy sprawdzić:

• kto przygotowuje dane do faktury,
• kto generuje dokument przed wysyłką do KSeF,
• w jakiej formie dokument trafia do kontrahenta do akceptacji,
• gdzie zapisywany jest ślad potwierdzający zatwierdzenie,
• czy możliwe jest jednoznaczne ustalenie momentu akceptacji.

3. Ocenić, czy obecna procedura nie wymaga zaostrzenia

Nawet jeśli przedsiębiorca uważa stanowisko KIS za zbyt restrykcyjne, warto ocenić, czy obecny model działania nie powinien zostać tymczasowo dostosowany do bardziej ostrożnego podejścia. Dotyczy to przede wszystkim firm, które stosują samofakturowanie w dużej skali lub współpracują z wieloma podwykonawcami.

W niektórych przypadkach zasadne może być:

• wprowadzenie akceptacji dokumentu jeszcze przed jego wysłaniem do KSeF,
• ograniczenie stosowania wyłącznie projektów PDF jako podstawy zatwierdzenia,
• wdrożenie dodatkowego etapu kontroli treści faktury przed jej przesłaniem do systemu,
• doprecyzowanie odpowiedzialności po stronie sprzedawcy i nabywcy.

4. Zabezpieczyć ścieżkę dowodową

W sporze z organem podatkowym duże znaczenie będzie miało nie tylko to, jak procedura została opisana, ale również to, czy firma potrafi wykazać jej stosowanie w praktyce. Dlatego warto zadbać o odpowiednią archiwizację dowodów związanych z akceptacją faktur.

W szczególności dobrze zabezpieczyć:

• wiadomości e-mail dotyczące akceptacji lub zgłaszanych uwag,
• logi systemowe potwierdzające obieg dokumentu,
• wersje dokumentów przedstawianych kontrahentowi,
• potwierdzenia terminów akceptacji,
• zasady przechowywania dokumentacji na potrzeby kontroli.

5. Rozważyć interpretację indywidualną

Jeżeli firma działa w modelu bardziej złożonym albo przyjęta procedura odbiega od najbardziej zachowawczego podejścia, warto rozważyć wystąpienie o interpretację indywidualną. Nie eliminuje to całkowicie ryzyka, ale może zapewnić większy poziom bezpieczeństwa dla konkretnego stanu faktycznego. To rozwiązanie może być szczególnie uzasadnione wtedy, gdy samofakturowanie obejmuje dużą liczbę dokumentów, w proces zaangażowane są różne działy lub podmioty zewnętrzne, a firma korzysta z własnych narzędzi do obiegu akceptacji.

W przedsiębiorstwach, które chcą uporządkować nie tylko sam proces samofakturowania, ale również szerszy obieg dokumentów i rozliczeń podatkowych, warto rozważyć Customer Invoice Portal od getsix®, który wspiera obsługę dokumentów księgowych, integrację z KSeF oraz zarządzanie akceptacją faktur w bardziej przejrzystym i uporządkowanym modelu pracy.

Czy warto już teraz zmieniać procedury

Z biznesowego punktu widzenia odpowiedź brzmi: tak, warto przynajmniej przeprowadzić audyt obecnego modelu. Nie każda firma musi od razu wdrożyć identyczny, bardzo sformalizowany schemat akceptacji XML przed wysyłką do KSeF. Natomiast każda firma korzystająca z samofakturowania powinna dziś wiedzieć, czy jej obecna procedura byłaby w stanie obronić się w razie kontroli albo sporu o odliczenie VAT.

W praktyce najbezpieczniejsze podejście polega dziś na przyjęciu założenia, że samofakturowanie po wdrożeniu KSeF nie jest już obszarem rutynowym. To proces, który trzeba spiąć prawnie, podatkowo i organizacyjnie. W firmach korzystających z rozbudowanego obiegu e-faktur oraz rozliczeń z wieloma kontrahentami pomocne może być uporządkowanie tego obszaru razem z szerszym przeglądem procesów księgowych i dokumentacyjnych.

W takich sytuacjach warto rozważyć Customer Invoice Portal od getsix®, który porządkuje obieg dokumentów księgowych, wspiera integrację z KSeF i pozwala zarządzać akceptacją faktur w jednym miejscu, co ułatwia ograniczenie ryzyka proceduralnego oraz lepsze przygotowanie firmy do praktycznych wyzwań związanych z e-fakturowaniem.

FAQ – najczęściej zadawane pytania

Samo samofakturowanie pozostaje dopuszczalne również po wdrożeniu obowiązkowego KSeF. Wynika to zarówno z ustawy o VAT, jak i z oficjalnych materiałów Ministerstwa Finansów, które podkreślają, że mechanizm ten zasadniczo nie zmienił się wraz z wdrożeniem systemu. Problem nie dotyczy więc samej możliwości wystawiania faktur przez nabywcę, lecz tego, jak prawidłowo ułożyć procedurę ich zatwierdzania.

Interpretacja KIS z 27 lutego 2026 r. pokazuje, że fiskus oczekuje modelu bardzo rygorystycznego: wcześniejszej akceptacji treści faktury i to w postaci XML, przed przesłaniem jej do KSeF. Takie stanowisko nie wynika jednoznacznie z literalnego brzmienia ustawy, dlatego budzi uzasadnione zastrzeżenia. Mimo to nie można go lekceważyć, bo w sporze z organem może ono zostać wykorzystane do podważania prawa do odliczenia VAT.

Najrozsądniejsza strategia na dziś to przegląd umów, procesu akceptacji i ścieżki dowodowej. W 2026 r. brak kar za błędy w korzystaniu z KSeF nie powinien usypiać czujności, bo ryzyko związane z samofakturowaniem może ujawnić się nie w obszarze technicznym, lecz właśnie przy odliczeniu VAT.

Jeśli mają Państwo dodatkowe pytania prosimy skontaktować się z osobą odpowiedzialną za kontakt biznesowy z Państwem lub wysłać zapytanie poprzez formularz na stronie getsix®.

Skontaktuj się z nami »

***

Share to: