Zmiany w Ordynacji podatkowej – nowe reguły kontroli i domniemanie niewinności w podatkach

Zmiany w Ordynacji podatkowej, które weszły w życie 4 listopada 2025 r., istotnie modyfikują relacje między podatnikiem a organami kontroli skarbowej. Po raz pierwszy od lat ustawodawca wprowadził regulacje wzmacniające pozycję przedsiębiorców: zarówno poprzez ograniczenie przewlekłości kontroli, jak i poprzez wprowadzenie do procedury podatkowej zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika. Zmiany wynikają z dwóch ustaw nowelizujących, podpisanych przez Prezydenta RP w październiku, ogłoszonych w Dzienniku Ustaw pod pozycjami 1414 i 1417, przygotowanych w ramach pakietu deregulacyjnego koordynowanego przez zespół pod przewodnictwem Rafała Brzoski.

Nowe regulacje mają charakter fundamentalny i realnie wpływają na praktykę kontrolną fiskusa, budowanie strategii podatkowej przedsiębiorców oraz zarządzanie ryzykiem podatkowym. Poniżej przedstawiamy pełne, pogłębione omówienie obu ustaw.

Nowelizacja odsetkowa (Dz.U. 2025 poz. 1414) – kontrola dłuższa niż 6 miesięcy bez odsetek za zwłokę

Pierwsza nowelizacja — ustawa z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk sejmowy nr 1439) — wprowadza zupełnie nowy przypadek, w którym podatnik nie będzie zobowiązany do zapłaty odsetek za zwłokę w przypadku stwierdzenia zaległości podatkowej.

Brak odsetek za okres po upływie 6 miesięcy trwania kontroli

Jeżeli kontrola podatkowa lub celno-skarbowa nie zakończy się w ciągu 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia, organ nie może naliczać odsetek za zwłokę za okres:

od dnia następującego po upływie 6 miesięcy do dnia faktycznego zakończenia kontroli.

To pozornie prosta regulacja, która jednak ma przełomowe znaczenie: fiskus przestaje czerpać korzyści finansowe wynikające z przewlekłości własnych działań. Dotychczas im dłużej trwała kontrola, tym większe odsetki dla budżetu państwa — co dla przedsiębiorców oznaczało ryzyko poważnych obciążeń w sytuacjach, na które nie mieli wpływu.

Wyłączenia z 6-miesięcznego terminu – kluczowe dla przedsiębiorców

Do limitu 6 miesięcy nie wlicza się:

• terminów ustawowych, w których organ musi wykonać określone czynności procesowe (np. wystąpienie o informacje zagraniczne),
• okresów zawieszenia kontroli, z wyłączeniem sytuacji wskazanych w art. 119gb §2 i art. 284a §5 Ordynacji podatkowej,
• okresów opóźnień spowodowanych z winy podatnika (lub jego pełnomocnika) i okresów, na które organ nie miał wpływu.

W praktyce oznacza to, że podatnik:

• nie może „grać na czas”, licząc na uniknięcie odsetek,
• musi dbać o terminowe reakcje na wezwania organów,
• powinien monitorować przebieg kontroli i dokumentować okresy zawieszenia, aby w razie sporu wykazać, które okresy nie powinny być wliczane.

Zastosowanie do kontroli trwających już w dniu wejścia w życie ustawy

To szczególnie korzystne — ustawa działa wstecznie w stosunku do kontroli wszczętych w ciągu 6 miesięcy przed dniem wejścia w życie, jeśli nie zostały zakończone przed 4 listopada 2025 r.

Takie rozwiązanie – czyli zastosowanie korzystnych dla podatnika przepisów także do postępowań już trwających – należy do rzadkości w prawie podatkowym i potwierdza prorynkowy charakter tej nowelizacji.

W praktyce wielu przedsiębiorców korzysta w takich sytuacjach ze wsparcia doradztwa podatkowego. getsix® na co dzień pomaga firmom w przygotowaniu do kontroli, analizie dokumentów oraz bieżącej obsłudze podatkowej, co ułatwia funkcjonowanie w zmieniającym się otoczeniu prawnym.

Nowelizacja „domniemania niewinności” (Dz.U. 2025 poz. 1417) – zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika

Druga ustawa — ustawa z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk sejmowy nr 1265) — ma charakter znacznie bardziej fundamentalny. Wprowadza do art. 122 Ordynacji podatkowej nowy §2 o treści:

„W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony (…).”

To implementacja zasady znanej z konstytucyjnego domniemania niewinności, od lat stosowanej w postępowaniach administracyjnych (KPA), lecz dotychczas nieobecnej w procedurze podatkowej.

Co oznacza „wątpliwość co do stanu faktycznego”?

Chodzi wyłącznie o sytuacje faktyczne, np.:

• czy towar faktycznie został dostarczony,
• czy dana usługa została wykonana,
• czy podatnik posiadał środki na finansowanie danego wydatku,
• czy określona transakcja miała miejsce.

Nie dotyczy to natomiast wątpliwości interpretacyjnych — czyli sporów o treść przepisu. Tych nadal nie rozstrzyga się automatycznie na korzyść podatnika.

Trzy wyłączenia z zasady

Zasada korzystnego rozstrzygania wątpliwości nie działa, gdy:

1. Sprawa dotyczy stron o sprzecznych interesach

Przykład: transakcje między spółkami powiązanymi, ustalenie wartości rynkowej, ceny transferowe.

2. Ustawa wymaga od podatnika wykazania określonych faktów

Przykład: wykazanie faktycznego wykonania transakcji przy odliczeniu VAT (obowiązek dowodowy nie znika).

3. Sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym interes państwa

Przykład: schematy wyłudzeń podatkowych, działania zagrażające stabilności systemu. Wyjątek ten — choć brzmi szeroko — ma być stosowany jedynie w sytuacjach szczególnych. Nie może być traktowany jako pretekst do niestosowania tej zasady.

Zastosowanie do trwających postępowań

Podobnie jak pierwsza nowelizacja, również ta działa w odniesieniu do postępowań wszczętych przed wejściem w życie, jeśli nie zostały zakończone do 4 listopada 2025 r.

Zmiany w Ordynacji podatkowej -praktyczne konsekwencje dla przedsiębiorców

Realne wzmocnienie pozycji podatnika

Przedsiębiorcy zyskują:

• silniejszą ochronę przed nadużyciami dowodowymi organów,
• możliwość skuteczniejszej obrony w sytuacjach braku jednoznacznych dowodów,
• przewidywalność i transparentność postępowań.

Mniejsze ryzyko finansowe w przypadku długotrwałych kontroli

Brak odsetek po upływie 6 miesięcy to:

• znacząca oszczędność kosztów w razie zaległości podatkowej,
• presja na organy, aby pracowały efektywniej,
• mniejszy stres i obciążenie finansowe dla firm.

Nowy standard dowodowy w kontrolach

Fiskus:

• musi precyzyjnie zbierać i dokumentować materiał dowodowy,
• nie może już stosować zasady „podatnik nie udowodnił → uznajemy, że jest wina”,
• będzie zmuszony do lepszej jakości analizy stanu faktycznego.

Znaczenie zmian z perspektywy systemowej i legislacyjnej

Zmiany w Ordynacji podatkowej wpisują się w:

• trend deregulacyjny,
• potrzebę odbudowy zaufania przedsiębiorców do administracji,
• zbliżenie procedury podatkowej do standardów ogólnych postępowań administracyjnych (KPA).

Co istotne, implementacja zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika następuje 8 lat po wprowadzeniu jej do KPA — co podkreśla, jak długo zwlekano z uregulowaniem tego mechanizmu na gruncie podatków.

Nowe zmiany w Ordynacji podatkowej:

• chronią przedsiębiorców przed skutkami przewlekłości działań organów,
• wprowadzają pierwszy w historii podatków formalny mechanizm domniemania niewinności,
• wzmacniają pewność prawa i stabilność obrotu gospodarczego,
• podnoszą jakość i transparentność postępowań podatkowych.

To jedne z najważniejszych pro-podatnikowych zmian w ostatnich latach. Warto, aby przedsiębiorcy i działy księgowe zapoznały się z nimi szczegółowo i wdrożyły odpowiednie procedury compliance, monitorowania kontroli oraz zarządzania ryzykiem podatkowym.

Jeżeli Państwa firma potrzebuje wsparcia w dostosowaniu się do nowych przepisów podatkowych lub w przygotowaniu do kontroli oraz prowadzeniu spraw przed organami podatkowymi, zapraszamy do kontaktu z zespołem getsix®. Oferujemy doradztwo podatkowe, pomoc w interpretacji przepisów oraz bieżące wsparcie w relacjach z administracją skarbową.

Podstawa prawna:

• Ustawa z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 1414)
• Ustawa z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 1417)

Jeśli mają Państwo dodatkowe pytania prosimy skontaktować się z osobą odpowiedzialną za kontakt biznesowy z Państwem lub wysłać zapytanie poprzez formularz na stronie getsix®.

Skontaktuj się z nami »

***

Share to: